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医院紧紧围绕优势学科群，调整和优化科研平台布局，持续提升医院支撑科技创新发展能力，推动高水平科研平台建设，创建了一大批先进的科研创新平台。先后获批国家卫健委功能性脑疾病诊治重点实验室，高等学校母胎医学创新引智基地（111计划），教育部生殖与发育国际合作联合实验室（母胎医学方向），重庆市转化医学中心（重庆市共2家），代谢性血管疾病川渝共建重点实验室，重庆市科技局重点实验室4个（重大致盲眼病防治、分子肿瘤及表观遗传学、重大神经精神疾病室、母胎医学），重庆市教委重点实验室2个（神经病学、重大代谢性疾病转化医学），重庆市医学重点实验室4个（神经病学、普外科学、传染病与寄生虫病学、运动系统再生与转化医学），重庆市临床医学研究中心7个，重庆市科普基地1个，重庆市教委协同创新中心1个。
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